O ICRJ, na época ainda Fluminense Yacht Club, teve breve permanência na Bateria do Morro da Viúva, área de posse do Fluminense para sua sede de remo, porém o espaço foi adentrado por uma construção de via que interligava os bairros de Botafogo e Flamengo e, por isso, a sede não obteve o êxito pretendido.
Em 1927, através da concessão do Governo Federal, o clube foi transferido para a Praia da Saudade, na Urca, que foi totalmente cedida ao longo dos anos para sua construção após o vencimento de algumas disputas judiciais.
O Comodoro Arnaldo Guinle, entre 1929 e 1933, convidou o arquiteto francês Joseph Gire para projetar a nova sede nos mesmos padrões arquitetônicos do Fluminense Futebol Clube. O projeto audacioso previa pavilhões, garagem para barcos e aviões mais o espaço da sede social, porém excedeu os limites do terreno.
Quando os fundadores do clube perceberam que demandavam mais espaço, recorreram ao poder central. Contando com a colaboração do prefeito do Distrito Federal, Antônio Prado Jr., obtiveram outras concessões aforadas que completaram o excepcional espaço conquistado.
Na mesma época, foi contratada a empresa Christian Nielsen para iniciar a construção do cais ao longo da orla para uma extensão de 300m lineares. Obra que durou vários anos por causa da limitada capacidade financeira do clube.
Na medida em que os aterros se completavam, um alongado terreno de cerca de 465m lineares deu origem a pista de aviação, que resultou na criação da Escola de Aviação do FYC.
A partir de 1932, foi iniciado o projeto da sede formulado em três edifícios. O primeiro ao lado do atual hangar 2 e os outros com conclusão somente em 1939.
Já entre 1972 e 1974, o Comodoro Carlos de Brito optou face a deterioração dos prêdios existentes resolveu comstruir uma nova Sede.
O associado e engenheiro Samuel Ruben Israel foi o responsável pela brilhante administração das obras do novo prédio, que abrigou todos os serviços de atendimento aos sócios e atletas com áreas dedicadas à vela, pesca, restaurantes, salão nobre e outras instalações.
Ao longo dos anos, através de outras obras e reformas, o ICRJ chegou aos atuais padrões de excelência. Com centros vélicos, hangares, academia, quadra de esportes, piscina, parquinho, posto de combustíveis, posto médico, salão de beleza, capela, bares, lojas e outros, a infraestrutura da sede faz do ICRJ quase uma nova cidade dentro do Rio de Janeiro.